Курсы по биоинформатике
(совместно с отделом математических методов в
биологии)
Предпосылки курсов по
биоинформатике
Что такое GCG?
Программа вводных курсов по GCG
Использование пакета GCG на сервере GeneBee
Примеры использования GCG
Что такое WhatIf?
Преподавательский состав курсов
Планируемые курсы
Статистика проведения курсов
Компьютерный класс
Консультации
Предпосылки курсов по биоинформатике
Благодаря объединенным усилиям многих коллективов исследователей суммарная длина опубликованных биологических последовательностей сегодня составляет
3 500 000 000 пар оснований (примерно 1 тысяча книг по 1000 страниц).
Последовательности хранятся в общедоступных электронных банках данных. Извлечь и правильно организовать нужную информацию о них можно только методами биоинформатики.
Проблема 1. Многие биологи недостаточно владеют доступными и эффективными компьютерными программами.
Проблема 2. Нужны новые идеи о том, какие новые биологически значимые результаты можно извлечь из такого огромного массива данных. Для этого нужны биологи, владеющие биоинформатикой.
Это пакет программ, включающий все стандартные средства работы с биологическими последовательностями (поиск информации в банках, выравнивание, построение филогенетических деревьев, подбор праймеров, предсказание вторичной структуры РНК и многие другие).
Преимущества перед средствами из Internet:
Всё в одном месте, удобные служебные программы
Минимальные требования к компьютеру пользователя и каналам связи
Признанность в научном мире
Программа вводных
курсов по GCG
(два учебных дня)
Обзор основных банков нуклеотидных и белковых последовательностей
Введение в Unix. Служебные команды GCG
Поиск по банкам биологических последовательностей
Исследование эволюционного родства последовательностей
Работа с аннотированными семействами белков
Использование пакета GCG на сервере GeneBee
Всего зарегистрированных пользователей из Росии - 92
Число обращений к пакету:
1998 г..............................................8468
1999 г. (по сентябрь) ....................7541
Использование программ GCG |
|||
| reformat |
|
||
| chopup |
|
||
| fetch |
|
||
| bestfit |
|
||
| lookup |
|
||
| gap |
|
||
| fasta |
|
||
| pileup |
|
||
| blast |
|
||
| paupsearch |
|
||
| paupdisplay |
|
||
| motifs |
|
||
| stringsearch |
|
||
| names |
|
||
| прочие |
|
||
 |
Неукорененное
филогенетическое дерево избранных алкогольдегидрогеназ, построенное программой paupsearch |
 |
Предсказание вторичной структуры тРНК программой mfold |
Это пакет программ, реализующий более
2000 действий с трехмерными структурами
макромолекул (белки, ДНК, РНК, комплексы). Авторы
так характеризуют пакет:
”WhatIf позволяет молекулярному инженеру,
сидя за терминалом компьютера, задавать вопросы
типа: ”Что если...” и далее: ”я заменю этот валин
на изолейцин?”. И тут же с помощью программы
определять следствия такой мутации.”
Преимущества перед другими
программами (Rasmol, SwissPDBviewer): объем реализованных
возможностей.
Недостаток: сложность изучения.
WhatIf не стоит использовать для задач типа визуализации макромолекул, реализованных в простых программах типа Rasmol.
Преподавательский состав курсов
| А.В. Алексеевский | aba@genebee.msu.su |
| Е.П. Никитина | nikit@genebee.msu.su |
| Л.К. Смиренина | lks@genebee.msu.su |
| С.А. Спирин | sas@genebee.msu.su |
По пакету WhatIf - одному из основных пакетов по визуализации и модификации трехмерных структур белков и нуклеиновых кислот
По технологии решения основных задач с использованием всех доступных программных средств (GeneBee, GCG, Internet)
Компьютерный класс
Осенью 1998 года организован компьютерный класс в корпусе “Б”. Класс оборудован 8 компьютерами Pentium, подключенными к локальной сети.
Имеется выход в Internet; возможна работа с пакетами GCG и WhatIf; установлены Rasmol, Gsview и другие полезные программы. Класс используется для курсов по биоинформатике и проведения учебных семинаров.
Еженедельно для всех желающих проводятся консультации по GeneBee-сервису, пакетам GCG и WhatIf, а также по вопросам применения математических методов.
Время и место: вторник, 11-12час., к.321